과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등을 다른 내용의 것으로 확정하는 판결이 있는 경우 판결에서 확정된 내용을 통상의 경정청구사유로 다툴 수 있었다는 사정만으로 후발적 경정청구가 배제되는지 여부(원칙적 소극)

   구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고 한다) 제45조의2 제2항은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.’고 규정하면서, 그 제1호에서 ‘최초의 신고·결정 또는 경정(이하 ’최초의 신고 등‘이라고 한다)에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 규정하고 있다.

   이처럼 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결, 대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결 등 참조).

  또한 위 규정의 문언내용과 그 입법취지 등에 비추어 보면, 최초의 신고 등에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등을 다른 내용의 것으로 확정하는 판결이 있는 경우라면 특별한 사정이 없는 한 법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 경정청구사유에 해당한다고 할 것이고, 납세의무자가 그 판결에서 확정된 내용을 법 제45조의2 제1항 각 호에서 정한 통상의 경정청구사유로 다툴 수 있었다는 사정만으로 납세의무자의 정당한 후발적 경정청구가 배제된다고 할 수 없다.

☞  당초 원고들이 부동산 양도가액을 35억 원으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였고, 피고가 위 부동산의 양도가액을 38억 3,000만 원임을 전제로 세액을 다시 계산하여 원고들에게 양도소득세를 추가 납부하도록 경정·고지하는 이 사건 처분을 하였으나, 이후 매수인이 원고들을 상대로 제기한 채무부존재확인소송에서 위 부동산의 양도가액이 35억 원임을 전제로 매수인의 매매대금 지급채무가 존재하지 않는다는 민사판결이 확정된 경우, 원고들이 위 판결에서 확정된 내용을 통상의 경정청구사유로 다툴 수 있었다고 하더라도 위와 같이 확정된 민사판결을 기초로 이 사건 처분에 대한 경정을 청구할 수 있다고 보아야 한다는 이유로 이와 달리 판단한 원심 판결을 파기한 사례.