2016두60201  법인세경정거부처분취소  [파기환송]
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분양계약에 따른 손익을 작업진행률에 의하여 계상하였는데, 분양계약해제에 따라 당초 확정된 익금과 차액이 발생한 경우 그 차액을 분양계약체결 당시의 손익이 아니라 해약일이 속하는 사업연도의 익금으로 반영하도록 하는 2012. 2. 2. 개정된 법인세법 시행령 제69조 제3항(이하 ‘이 사건 조항’)의 적용 시점 

후발적 경정청구를 제한하는 규정은 그 적용시기를 명시적으로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 규정의 시행 전에 이루어진 잘못된 당초의 과세에 대한 후발적 경정청구권에는 영향을 미치지 못한다고 보아야 한다. 그런데 개정 시행령 부칙 제1조는 시행일에 관하여 ‘이 영은 공포한 날부터 시행한다’고 규정한 다음, 제2조는 일반적 적용례로 ‘이 영은 2012년 1월 1일 후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다’고 규정하고 있을 뿐, 이 사건 조항에 관한 개별적 적용례를 별도로 규정하고 있지 아니하다. 따라서 이 사건 조항은 2012. 1. 1. 이후부터 개시하는 사업연도 분의 과세에 대한 후발적 경정청구에 적용되며, 그 전의 사업연도 분의 과세에 대하여는 비록 그 이후에 후발적 경정청구 사유가 발생하였다 하더라도 적용되지 아니한다.

☞  아파트 분양사업자가 2009 사업연도에 아파트를 분양하여 이를 법인의 익금에 산입하였다가, 2012. 1. 1. 이후에 계약이 해제되어 당초 산입하였던 익금을 후발적 경정청구제도에 따라 차감하여 법인세를 환급받을 사유가 발생하였는데, 계약 해제시 해제된 사업연도의 손실로 반영하도록 함으로써 후발적 경정청구권의 행사를 제한하는 이 사건 조항이 2012. 1. 1. 이후부터 시행되었으나, 위 조항이 시행되기 이전의 2009 사업연도분의 과세에 대한 후발적 경정청구를 제한할 수 없다고 보아 이와 달리 2012. 1. 1. 이후 계약이 해제되었으므로 쟁점 조항이 적용된다고 본 원심을 파기한 사례